办理上海三类医疗器械经营许可证的步骤如下：

准备相关材料：需要提供企业法人代表或者承办人的有效身份证明（如身份证或者军官证）、企业法定代表人名字与地址书面声明、企业工作章程、企业法人代表或者承办人名字书面声明以及传真告之函。

申请核发上海三大分类医用装备许可证：需要将所准备好的相关材料递交到市食监部门或者县食监部门进行审核并开具《中华人民共和国医用装备生产/供应/促销/服务/释放/运递/保存/重新使用》零部件或整体机械凭证。

以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能因上海各区要求而有所不同，建议咨询相关部门或者机构获取具体信息。